La France est un grand consommateur de produits pharmaceutiques à usage humain, avec en moyenne 48 boîtes par an et par habitant pour 2011. La mise en évidence dans les années 1980 de molécules à visée thérapeutique dans les eaux usées a mis en exergue cette pollution. Depuis, de nombreuses publications sur le sujet ont montré que la plupart des milieux aqueux contiennent des résidus médicamenteux. L’industrie pharmaceutique, l’excrétion par le patient, les rejets par les établissements de soins et la mise à l’évier des médicaments non consommés sont les sources de cette pollution. Ces différents effluents arrivent généralement dans des stations d’épuration non conçues pour éliminer les polluants d’origine organique. Pour certaines classes thérapeutiques, les stations d’épuration ont un rendement d’élimination plus élevé que d’autres ; par exemple, pour les antidépresseurs, le rendement est de l’ordre de 90-100 %, les antibiotiques d’environ 50 %, alors que les antiépileptiques ne sont pas éliminés. Le rejet quotidien de ces molécules leur confère une pseudo-persistance dans l’environnement. En effet, certaines molécules comme le Clofibrate ou la Codéine ont une demi-vie supérieure à 365 jours alors que pour d’autres, comme le Paracétamol, cette demi-vie est inférieure à un jour.
D’après un rapport du laboratoire National de Recherche et d’Hydrologie, environ 14 molécules pharmaceutiques sont retrouvées dans les eaux destinées à la consommation humaine (EDCH) et la provenance de l’eau (souterraine ou superficielle) n’a pas d’influence sur la nature des molécules retrouvées mais seulement sur les quantités. Les concentrations maximales retrouvées dans l’EDCH sont nettement inférieures aux doses thérapeutiques ; cependant, des études sur les effets chroniques de ces molécules à faibles doses semblent nécessaires ainsi qu’une politique préférentielle de molécule ayant le plus faible impact écotoxicologique à efficacité thérapeutique identique.